然而，由于受限于流动性等原因，首批基金并没有大比例投向新三板精选层市场。有公募科技基金经理认为，流动性仍是制约公募基金投资新三板精选层的重要原因之一。以首批新三板基金为例，多数产品设置了定期开放和持有期，面对开放期的赎回需求，基金经理一般会根据赎回金额、比例等对所有持仓进行减持，而精选层公司在减持过程中的冲击成本远大于流动性好的A股股票。因此，多数公司会有意识控制潜在的流动性风险，对新三板精选层的持股金额作出一定限制。华夏基金顾鑫峰就建议，可择机进一步降低新三板精选层的投资者准入门槛，同时吸引更多的合格投资者，尤其是机构投资者，共同做大市场，以提高该市场的流动性。
券商研究对新三板投资生态、商业模式的建立和发展具有重要作用。但是，由于市场整体容量有限，券商对新三板研究的资源配置不足，外部券商研究力量薄弱。此外，基金公司内部也缺乏对新三板精选层的广泛认识，这倒逼了基金公司通过专户、公募基金等形式探索新三板投资，研究新三板相关产品。目前部分公募已对新三板的重点公司进行重点研究覆盖，形成精细化的投研管理体系。但是，在整体行业层面仍未能形成持续的投研风气。
应该说，作为创新领域的“试水”，公募基金投向两极分化的精选层市场，对优质标的和投资确定性的追求也会更为突出，运作初期的净值稳健和持有人体验也更为关键。首批新三板基金通过定期开放或持有期形式，兼顾了产品的收益性和流动性，以相对稳健的投资回报，为公募投资新三板市场开了一个好头。相信在不远的将来，随着监管政策的不断完善、精选层市场的逐步成熟，新三板的投资生态将会更为丰富和完善。
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